В 1970 г. на базе обсерватории Черного и Азовского морей была создана Лаборатория южных морей ГОИН, преобразованная в июле 1973 г. в Севастопольское отделение ГОИН (СО ГОИН), которое обеспечивало изучение гидрометеорологического и гидрохимического режима Черного и Азовского морей, осуществляло научно-методическое руководство морскими и устьевыми станциями и обсерваториями на этих морях, выполняя также роль бассейновой гидрометобсерватории, разрабатывало современные методы океанографических и гидрохимических измерений и определений.
Распад СССР тяжело ударил по ГОИН и привел по существу к его расчленению. ГОИН в результате этого с 1992 г. потерял более 3/4 своего численного состава, лишился базы по изучению Черного и Азовского морей - Севастопольского отделения ГОИНа, потерял свою океанскую базу - Одесское отделение с прекрасным лабораторным корпусом, причально-складским комплексом и восемью океанскими научно-исследовательскими судами.
Тем не менее, институт живет и развивает материальную (в основном современную компьютерную) базу в Москве и Санкт-Петербурге, а также методы расчета, моделирования и анализа в физической и химической океанографии с целью их внедрения в практику освоения морских ресурсов и их защиты от антропогенных воздействий.
Приказом ФГБУ “ГОИН” от 01.04.2014 № 16 ” образовано Севастопольское отделение ФГБУ “ГОИН”. СО ФГБУ “ГОИН” изучает гидрометеорологический и гидрохимический режим Черного и Азовского морей, осуществляет научно-методическое руководство морскими и устьевыми станциями и обсерваториями на этих морях.